เรื่องราวเกี่ยวกับระหว่างการต่อสู้กับ อุลตร้าแมนเบเรียล มหาวายร้ายแห่งอวกาศ กับ หน่วยพิทักษ์อวกาศ หรือกลุ่มของอุลตร้าแมนผู้ผดุงความยุติธรรมจากดาวเคราะห์แห่งแสง M78 เพื่อต่อสู้กับเบเรียลและพลพรรคผู้ชั่วร้าย นักวิทยาศาสตร์แห่งดาว M78 อุลตร้าแมนฮิคาริ ได้สร้าง “อุลตร้าแคปซูล” แคปซูลพลังงานที่มีพลังของอุลตร้าแมนสิงสถิตย์อยู่

แต่ทว่าการค้นคว้า และการสร้างอุลตร้าแคปซูลยังไม่เสร็จดี ก็เกิดเหตุการณ์ ไครซิส อิมแพคท์ ที่เป็นการจุดระเบิดครั้งใหญ่ที่ทำให้จักรวาลเกือบถึงคราวดับสูญ และเบเรียล ก็หายสาปสูญไปในเปลวเพลิงของการระเบิดในครั้งนั้น ไม่มีใครรู้ว่าเบเรียลทำไปเพื่ออะไร ทำไปทำไม แต่เรื่องที่เบเรียลหายตัวไปนั้นเป็นเรื่องจริง และจักรวาลก็สงบสุขได้ไม่นานนัก และเรื่องราวก็กลับมาที่โลก ซึ่งโลกที่ยังไม่มียอดมนุษย์มาประจำการ ในเมืองอันแสนสงบที่ “อาซากุระ ริคุ” เด็กหนุ่มผู้สดใส ผู้ใช้ชีวิตร่วมกับเอเลี่ยนต่างดาว “เปก้า” ทั้งสองก็ใช้ชีวิตอย่างสนุกสนาน และอบอุ่นในเมืองเล็กๆแห่งนี้

จนกระทั่งวันหนึ่ง มีสัตว์ประหลาดที่ไม่ทราบที่มา ได้ทำการบุกโลก และได้ถล่มเมืองของริคุจนผู้คนต้องละทิ้งเมืองที่เติบโตมา ริคุที่กล่าวโทษถึงความไร้พลังของตัวเอง ก็ได้มีโอกาสพบกับ “เรม” ลูกบอลปริศนาที่เฝ้าประจำการอยู่ในห้องบัญชาการลับปริศนาที่ซ่อนอยู่ในใต้ดิน เขาได้มอบ จี๊ดไรเซอร์ และ อุลตร้าแคปซูล ที่บรรจุพลังงานของอุลตร้าแมนรุ่นสมบูรณ์แบบ เพื่อปกป้องรอยยิ้ม และความสงบสุขของผู้คน ริคุจึงไม่ลังเลที่จะใช้จี๊ดไรเซอร์ เพื่อเป็นร่างสถิตย์ของอุลตร้าแมน จี๊ด และยังได้รับรู้อีกด้วยว่า ตัวของริคุ หรืออุลตร้าแมนจี๊ด ก็คือสุดยอดมหาวายร้ายแห่งจักรวาล อุลตร้าแมนเบเรียล เบเรียล ที่หายไปในเหตุการณ์ ไครซิส อิมแพคท์ ก็ได้เริ่มแผนการชั่วร้ายบางอย่าง ในร่างของ ฟุคุอิเดะ เคย์ ผู้ใช้อุลตร้าแคปซูลของเบเรียล รวมกับแคปซูลสัตว์ประหลาด จนกลายเป็นสัตว์ประหลาดสายพันธุ์ใหม่ที่แข็งแกร่งกว่าอดีต แต่เป้าหมายยังคงเป็นปริศนา จี๊ด เลือกที่จะต่อสู้เพื่อปกป้องผู้คน ในขณะที่พ่อของเขา กลับเป็นวายร้ายที่ทั่วทั้งจักรวาลหมายที่จะกำจัด